Вера, Надежда, Любовь — три главные жизненные ценности или анахронизм, давно себя изживший? Некоторые считают их маяком, ведущим человека по жизни сквозь мрак неведения, кто-то, напротив, убежден, что нет более губительных предрассудков в современном прогрессивном обществе, чем те, что заставляют людей в их поступках руководствоваться Любовью к ближнему, Надеждой на спасение и Верой в защиту Высших сил.
Герои романа Александра Коротенко идут по жизни, как и все мы, на ощупь, пытаясь каждый для себя нащупать ту единственно верную дорожку, которая выведет их из мрака неведения и заблуждений на свет истины. Они задают вопросы и получают на них ответы, они совершают поступки и обжигаются («Боженька так иной раз может погладить по голове, что слезы выступят»), но все же идут вперед.
Книга поделена на две части. В первой читателя знакомят с тремя историями. Главные герои в них: молодой философ Иван Остров, в одночасье потерявший всю свою семью в результате цепи трагических событий (глава «Гематома»), православный священник отец Феодосий (глава «Аники и антианики») и тридцатилетний Осип Москвин, в детстве — вундеркинд, а теперь — человек со сломанной судьбой, многочисленными комплексами, вынесенными из детства, и надеющийся, что регулярные посещения прославленного психотерапевта помогут ему наладить свою жизнь (глава «Эгологи»).
Каждый из героев оказывается в определенный момент времени на перепутье, когда прежняя система ценностей вдруг рушится, не оправдав себя, и нужно снова осторожно строить в своей душе фундамент, на который можно будет опереться, чтобы двигаться дальше.
К концу первой части книги автор предлагает развязку для каждой из трех историй. Однако он не довольствуется стандартным «жили долго и счастливо», а делает неожиданный ход. В качестве оригинальной альтернативы классическому финалу во второй части романа Александр Коротенко предлагает иной, еще более сложный и интересный сценарий того, как в дальнейшем сложатся судьбы полюбившихся героев. В нем пересекутся ранее независимые жизненные пути трех главных персонажей романа.
Писатель сталкивает между собой очень разных героев: это ученые, врачи, служители церкви и простые деревенские жители. В богословских спорах, научных дебатах или в диалогах между врачом-психотерапевтом и его пациентом они защищают и переосмысливают каждый свою позицию. Сам автор «Трепанации», словно хирург, пытается проникнуть в мысли своих героев, разобраться, как устроена человеческая натура, понимая при этом, что каждое такое внешнее вмешательство может быть чревато необратимыми последствиями.
Писатель не выносит окончательный вердикт о том, что «истинно», а что «ложно». Он лишь показывает читателю, как удивительным образом могут сосуществовать в одном жизненном пространстве во всем многообразии отдельные системы человеческих ценностей. Показывает, и дает возможность каждому из нас сделать свои выводы.